آی اسپورت- بعد از "جدایی نکونام از استقلال" و آن مصاحبه های جنجال برانگیز بعدش، به نظر می رسید این تیم با مشکلات زیادی روبرو خواهد شد. دو برد، سه تساوی و دو باخت نتایجی است که این تیم در غیاب کاپیتان تیم ملی بدست آورده که نشان می دهد استقلال بدون نکونام دیگر آن تیم سابق نیست
. تفاضل گل منفی استقلال نیز گواه این ادعاست که استقلال با مشکل عمده ی بازی سازی روبرو است. نکونام در لیگ سیزدهم و در مجموع 1529 دقیقه ای که برای این استقلال به میدان رفت سه گل برای این تیم به ثمر رساند و 6 کارت هم دریافت کرد و در مجموع 17 بازی را به صورت کامل در ترکیب اصلی قرار داشت. استقلال در اولین دیدار خود بعد از جدایی نکونام، به مصاف همنام خوزستانی خود رفت. این تیم خوزستانی از وجود بازیکنان نسبتا سرشناسی همچون سهراب بختیاری زاده، میلاد میداوودی( هر دو سابقه پوشیدن پیراهن تیم تهرانی را دارند) حسین کعبی، ایمان مبعلی و عادل کرده کج بهره می برد.
استقلال تهران در این دیدار توانست با تک گل محمد قاضی از سد همنام خوزستانی خود بگذرد. بازی بعدی استقلال در مقابل رقیب دیرینه ی خود، پرسپولیس بود. در حالی که تصور می شد استقلال در این بازی به دلیل نداشتن مهره های کلیدی همچون نکونام و منتظری کار سختی در مقابل پرسپولیس داشته باشد در نهایت این بازی کسل کننده با نتیجه مساوی به پایان رسید. شاید بتوان تنها لحظه حساس این بازی را ضربه زیبای ایستگاهی محمد نوری به دروازه سید مهدی رحمتی دانست که با واکنش سنگربان استقلال به اوت رفت.
بازی بعدی استقلال دیدار با ذوب آهن اصفهان از سری رقابت های جام حذفی بود. دیداری که در ورزشگاه آزادی به میزبانی استقلال برگزار شد و با تک گل ساموئل از روی نقطه پنالتی به سود این تیم به پایان رسید. البته ذوب در دقیقه 88 صاحب یم ضربه پنالتی شد که با واکنش هوشیارانه رحمتی از دست رفت
. استقلال در هفته 24 لیگ و در چهارمین دیداری که در غیاب نکونام انجام می داد برای بار دوم در یک هفته، به مصاف ذوب آهن اصفهان رفت. این بازی نیز با تساوی یک_یک به پایان رسید. هفته ی بیست و پنجم، ورزشگاه امام علی کرمان میزبان بازی تیم این شهر در مقابل استقلال تهران بود. این بازی نیز همانند دیدار گذشته استقلال به تساوی یک_یک انجامید. تک گل استقلال در این بازی را محمد قاضی به ثمر رساند. استقلال در مرحله ی نیمه نهایی جام حذفی به مصاف تیم مس کرمان رفت. دیداری که در نهایت با دو گل مهاجم فرصت طلب مس، لوسیانو ادینهو، این تیم را راهی دیدار فینال کرد. شاید غیبت جواد نکونام در این بازی بسیار پررنگ از دیگر دیدار های استقلال بود و مطمئنا وجود نکونام در این بازی می توانست مانع از حذف آسان استقلال از رقابت های جام حذفی شود.

بازی بعدی این تیم در مقابل سایپای البرز بود. شاگردان قلعه نویی در دیدار کار سختی را در پیش نداشتند و موفق شدند با دو گل آرش برهانی و بوبکر از سد این تیم کرجی بگذرند. هفته ی بیست و هفتم؛ شاید بدترین شکست استقلال در لیگ سیزدهم، شکست در مقابل ملوان بندر انزلی باشد و غیبت نکونام بیشتر از قبل در این بازی احساس شود. استقلال در این دیدار با نتیجه سنگین چهار بر دو متحمل شکست سخت و سنگین از سفید پوشان انزلی شد. آخرین بازی استقلال در غیاب نکونام در رقابت های جام باشگاه های آسیا بود که این بازی را نیز به تیم الشباب واگذار کردند.